С конца 1950-х годов в Панаме стал шириться массовый протест против сложившихся форм американского присутствия, проводились многолюдные шествия с требованиями возврата канала стране. Одно из таких шествий в январе 1964-го американцы просто расстреляли. Однако под давлением, в том числе и собственной общественности (напомним, что это были шестидесятые), правительство США дало согласие на ведение переговоров о новом статусе канала. Но было уже поздно.
11-го ноября 1968-го командующий Панамской национальной гвардией генерал Омар Торрихос Эррера захватил контроль над правительством, сместив президента и назначив «временного». Несмотря на свои популистские по преимуществу шаги Торрихос большинством панамцев был воспринят как герой, так как именно он заключает в 1977-м договор с Штатами, по которому с 1 октября 1979-го упраздняется т.н. Зона канала и право на вмешательство во внутренние дела, а 1 января 2000-го года, Соединённые Штаты Америки возвращают и сам канал Панаме. Было оговорено также и значительное сокращение американского военного присутствия, количество баз уменьшается с 13 до 3. Впрочем, американцы сохраняют за собой право на военную защиту канала.
Что касается этих самых внутренних дел, то в период правления Торрихоса у помещиков были отобраны и розданы крестьянам огромные площади, осуществлены изменения в сфере налогообложения, банковского капитала и образования. Правительство решило развивать государственный сектор, был принят закон о труде, повышена заработная плата, созданы кооперативы в сельском хозяйстве и других отраслях. Сильной мерой была и национализация собственности фирм США (с компенсацией).
В 1981-м Торрихос погибает в результате катастрофы, природа которой остаётся спорной. После его смерти влияние в государстве довольно быстро приобретает генерал Мануэль Норьега, командующий недавно созданных панамских сил обороны. После различных этапов политической борьбы в декабре 1989-го он провозглашает себя диктатором и официально объявляет войну США, поддерживавшим оппозицию. После того как был убит первый американский военнослужащий солдат, в Панаму были отправлены 26 тысяч американских солдат, вошедших на улицы Панамы и Колона. Тысячи людей погибли в результате боевых действий, а сам Норьега попросил убежища в посольстве Ватикана. Однако позднее он был передан в руки американцев, чему причиной было также и то, что те устроили круглосуточные громкие рок-концерты под стенами посольства. В результате Норьега был осужден на 40 лет и отправлен в Америку для отбывания.
Главой страны становится бывший лидер оппозиции (которая на самом деле и выиграла выбора 1989-го) Гильермо Эндарра, однако на всём протяжении его правления общество страдает от коррупции и беспорядков. Эрнесто Перес Баллардес выигрывает выборы в 1994-м, обещая найти управу на коррупцию, поднять панамскую экономику и развивать общенациональное здравоохранение. Частичночто-то получилось. Следующие выборы, в 1999-м, проходят под лозунгом «Канал – наш!», вооружившись которым к власти приходит вдова бывшего популярного президента, сторонница политических консерваторов, Мирейа Москосо, заявлявшая, что Панама будет самостоятельно заниматься охраной канала и не намерена соглашаться на присутствие у себя военных баз какого-либо государства. Во главе с ней панамский народ отмечает в 2000-м возвращение канала, который 31 декабря 1999-го окончательно переходит под панамский контроль.
Как таковое управление Панамским каналом находится с тех пор в ведении Администрации, которая управляется руководящим советом из 11 директоров, раз в девять лет утверждаемых властями Панамы.
Правительство Москосо главным образом действует в духе своих предшественников и находится у власти до выборов 2004-го. Начиная с этой даты, в политической системе Панамы обещаны изменения, в том числе предоставление права голоса панамцам, пребывающим за границей, введение квотированного представительства женщин на выборных постах, а также обязательная отставка госчиновников, в случае выдвижения ими своей кандидатуры на выборах.