В 1501-м земли Панамы открывает испанский конкистадор Родриго де Бастидас. На следующий год Христофор Колумб уже основывает поселение в устье реки Белен, позднее разрушенное индейцами. Из последних к моменту обнаружения Панамы наибольшим влиянием обладают Кокле и Куэвы. Но, как и во многих других случаях, индейские сопротивление не в силах остановить планомерную колонизацию, которая начинается в 1509–1510-м основанием поселения в Дарьенском заливе. На основе этого поселения образуется, несколько позднее, провинция Тьерра Фирме (Материк). Уже в 1513-м экспедиция Васко Нуньеса де Бальбоа выходит к Тихому Океану, навсегда входя не только в историю Панамы, но и Великих Географических Открытий.
В 1519-м губернатор «Тьерра Фирме» Педрариас Давила закладывает город Панаму. Особенный толчок в развитии он получает, служа перевалочным пунктом для потока товаров из завоёванной Инкской империи и других земель вдоль тихоокеанского побережья. Через перешеек товары из этих колоний отправлялись в Атлантику и далее – в метрополию. В конечном итоге город Панама вообще становится основным торговым центром Испанской колониальной империи.
В 1538-м Панама окончательно объявляется как целостное испанское владение (аудьенсия), в период 1542-1560-го она включается в состав Перуанского вице-королевства, позднее Гватемальского генерал-капитанства, а в 18-м веке определяется в состав Новой Гранады (Колумбии), что обеспечивает почву для дальнейших событий.
Что касается экономической стороны собственно панамской колониальной жизни, то по преимуществу это плантации, на которые, как и повсюду, стали завозить чёрных рабов из Африки. Индейские обитатели перешейка были крайне быстро либо уничтожены войнами и болезнями, либо частично смешались с новыми пришельцами, в особенности с низовыми социальными слоями.
Основой хозяйства стали плантации, на которых завозили черных рабов из Африки. В период 16–17-го веков территория Панамы многократно подвергается пиратским нападениям. Наиболее знаменитыми из таких рейдов явился поход 1671-го, осуществлённый английским корсаром Генри Морганом). Со временем натиск пиратов становится столь внушительным, что торговые пути в течение 18-го века смещаются в обход Америки через пролив Горна. Эта тенденция неизбежно приводит к губительным изменениям в экономике Панамы.